Nel 1198 salì al soglio pontificio un riformatore: Innocenzo III. Il quale diede avvio alla grande opera di ristrutturazione dell’istituzione ecclesiastica e dell’immagine della Chiesa tutta, a partire dal riordino degli archivi e dei documenti, che custodivano (e custodiscono) le basi del suo potere temporale e del consolidamento della Confessione. I locali presso San Pietro divennero la sede archivistica della Santa Sede e lì si vollero concentrare tutti gli atti prima d’allora distribuiti nelle varie istituzioni pontificie.
Il nuovo ordinamento degli archivi pontifici voluto da papa Innocenzo III ha permesso la trasmissione, fino ai nostri giorni, dei registri pontifici, fondamentali documenti che hanno mantenuto traccia di tutti gli atti emessi dalla cancelleria apostolica.
L’opera di accentramento degli archivi rispecchiò quell’opera di accentramento burocratico e politico della Chiesa con la quale Innocenzo III trasformò una confessione religiosa in una potenza politica in grado di competere con le più grandi realtà europee del tempo.
Con la riforma degli archivi, la Chiesa mise in salvo preziosi documenti che ci hanno permesso d’interpretare la storia della civiltà occidentale, scongiurandone la distruzione derivante dall’incuria e l’imperizia che caratterizzò la gestione degli archivi laici nei secoli successivi.